日本国有鉄道（国鉄）の鉄道連絡船（客載車両渡船）として、1965（昭和40）年6月三菱重工業神戸造船所で竣工。青森と函館を結ぶ青函航路に就航。1987（昭和62）年4月の国鉄分割民営化により北海道旅客鉄道株式会社（JR北海道）に移管しました。1988（昭和63）年3月、青函トンネル開業にともなう同航路廃止により引退しました。1989（平成元）年摩周丸を保存、運営する株式会社函館シーポートプラザが、JR北海道、函館市、商工会議所などにより設立。1991（平成3）年4月、発着していた旧国鉄函館第二岸壁に係留され、メモリアルシップ摩周丸として公開、開業しました。2002（平成14）年12月に函館市に譲渡され、2003（平成15）年4月に函館市青函連絡船記念館摩周丸として再開業しました。摩周丸は当時のままの操舵室（船橋）、無線通信室を見学できるほか、旧グリーン船室前部を展示室に改装して、実物部品や模型、映像、音声などで青函連絡船の歴史やしくみを解説しています。また、企画展、イベント、出版活動なども実施しています。