帆船日本丸は、船員を養成するため、文部省の練習船として神戸の川崎造船所で1930（昭和5）年に建造されました。1984（昭和59）年に引退するまでの54年間に11,500名の実習生を育て、海運立国日本に多大なる功績を残しました。航走距離は183万㎞（地球45.4周）にも及びます。戦中戦後の10年間は帆走艤装を取外し、瀬戸内海で石炭輸送や戦後の外地からの引き揚げ航海、南方諸島での初の遺骨収集に従事しました。
引退後、運輸省から横浜市にから払い下げられた日本丸は、旧横浜船渠の1号ドック（国重要文化財；2000（平成12）年指定）内に係留され、1985（昭和60）年4月から公開を開始しました。ボランティアによる総帆展帆を年間12回程度実施するほか、青少年向けの海洋教室、ガイド・ボランティアによる船内案内などを行っています。
2017（平成29）年には日本船舶海洋工学会から「ふね遺産（現存船第1号）」として認定を受けるとともに、国重要文化財（歴史資料）の指定を受けています。
併設して、横浜港の歴史と港の仕組みや役割を伝える「横浜みなと博物館」があります。